水體污染的來源可分為點源污染（Point Source Pollution）與非點源污染（Nonpoint Source Pollution），點源污染是指污染物由可確認的地點流入水體中，如工廠和廢水處理場廠的排水管線、下水道、排水溝等。非點源污染則是指環境中的污染物，並非由單一可確認的地點流入水體所導致的污染，如大氣中的沉降物、都市下水道暴漲的逕流，及來自農、礦、營建業等活動的逕流所造成的污染。

非點源污染的特性為散佈、間歇性發生，污染來源為雨水逕流沖刷地表之污染物流入水體，其影響因素包括土地利用、氣候、水文、地形、原生植被及地質等，過程十分複雜。不管是農地、遊憩區、施工工地、都市、工廠及工業區，均會因下雨（尤其是first flush）而沖刷出各種污染物、泥砂及營養鹽，常見的都市非點源包括街道及工廠空地的逕流、雨水沖刷花園植物的殺蟲劑、街道及道路施工等，鄉村的非點源污染則通常和農業施肥、遊憩活動、林業及開礦有關。

非點源污染產生的主因為暴雨逕流，因此發生的時間及地點有很大的不確定性，污染量在時、空上的分佈亦相當不均勻，故非點源污染量一般以集水區長時間之平均值來表示，如公斤/公頃/年。此外，暴雨逕流過程中流量及水質隨時間而變化，降雨初期，晴天累積於地表之污染物被逕流沖刷，因此逕流初期有較高之污染物濃度；若降雨持續，則地面可沖刷之污染物量漸少，逕流污染物濃度亦逐漸降低。由於流量與污染物濃度之顯著變化，非點源污染無法以單一水樣的檢驗來定量，必須在暴雨逕流過程採不同時段之水樣分析，同時測定流量變化，由此可知，非點源污染之調查研究是需要花費相當的人力、物力，及長時間經驗之累積。

近年來國內外研究顯示，非點源污染對水庫集水區之水質造成極大的衝擊，除引起水庫淤積、縮短水庫壽命外，因藻類孳長，產生的水庫優養化現象對於水庫生物生長及自來水處理加藥量，及供水水質均造成重大的影響。

對於非點源污染的控制，目前國內外以『最佳管理作業』（Best Management Practices，BMPs）一詞稱之，控制方法可包括建造硬體設施（即結構性，Structural）如入滲、滯留設施，及透過管理性措施（即非結構性，Non-structural）如肥料使用管制、土地使用規劃等，以控制或削減非點源污染。環保署自民國八十三年起即著手非點源污染控制研究，期提供國內相關機構及業者參考，經數年的努力，已完成施工活動、遊憩區、工業區、社區及農業區等非點源污染防治最佳管理作業手冊。